Üniversitemizin Bilgisayar Mühendisliği Doktora Programı; Bilgisayar veya Yazılım Mühendisliği lisans ve yüksek lisans programlarından mezun olan öğrencilerin başvurabileceği bir lisansüstü programdır. Bilgisayar Mühendisliği Doktora Programının genel amacı;  öğrencilerine bilgisayar mühendisliği alanındaki temel konularda ileri bir eğitimin yanında belirli alan ya da alanlarda da derinlemesine bilgi sahibi olmalarını sağlamayı ve öğrencinin belirli bir alanda orjinal bir araştırma yapmasını hedeflemektedir. Bu ana amacın yanısıra, bilgisayar mühendisliği alanında, özellikle Kuzey Kıbrıs Üniversitelerinin en önemli ihtiyacı olan akademisyenlerin yetiştirilmesi hedeflenmektedir. Uluslararası işbirliklerini yürütecek, konularındaki en son gelişmeleri takip edebilecek, gerekli analiz ve sentez yeteneklerine sahip, yenilikçi fikirler üretebilecek ve ARGE projelerini yönlendirebilecek yüksek lisans ve doktoralı araştırmacılara büyük bir gereksinim duyulmaktadır. Bu program bu özelliklere sahip araştırmacıların yetişmesine yardımcı olacaktır.