Uluslararası İlişkiler Bölümü Doktora Programı, uluslararası ilişkiler alanında akademik kariyer yapmayı veya belirli bir alanda derinleşmeyi isteyen öğrencilere kapsamlı ve bilimsel bir donanım kazandırmayı hedeflemektedir. Böylece öğrencilerin araştırma becerilerinin geliştirilmesi; küresel sistemde tanık olunan siyasal, toplumsal ve kültürel dönüşümleri teorik, analitik ve eleştirel bir bakış açısıyla değerlendirebilme yetkinliklerinin artırılması amaçlanmaktadır. Program, öğrencilerin, hazırlayacakları özgün bir doktora tezi aracılığıyla, alana bilimsel katkı becerilerini artırmayı da hedeflemektedir. Doktora program dört bölümden oluşmaktadır. Farklı kuramsal, tematik ve coğrafi bölgeleri kapsayan derslerin sunulduğu ders dönemi, doktora tezine hazırlık olarak da kabul edilen seminer raporu ve jüri önünde sunulması, yeterlilik sınavı ve tez yazımı ile tez savunması. Dersleri takip eden üç dönem, atanacak bir tez danışmanının gözetiminde yürütülmektedir.